Program Magister (S-2) Pendidikan Fisika Universitas Ahmad Dahlan merupakan program pascasarjana Pendidikan Fisika yang pertama di Indonesia, dengan ijin operasional dari Dikti SK No. 4182/DT/2004 tertanggal 22 Oktober 2004. Program ini dibuka mulai Tahun AKademik 2005/2006 pada bulan September 2005. Hingga 2009 telah lulus 33 orang, banyak diantaranya yang setelah lulus S2 berhasil menjadi dosen Perguruan Tinggi, baik negeri maupun swasta dan ada juga yang meneruskan studinya ke Program Doktor.

Dengan pendidikan Fisika di sekolah menengah dan adanya kebutuhan promosi karir guru merupakan pertimbangan bagi Universitas Ahmad Dahlan (UAD) sebagai suatu Perguruan Tinggi yang memiliki potensi dan komitmen yang besar dalam bidang fisika dan pendidikan fisika. Pada saat pendiriannya, studi kelayakan dilakukan bukan hanya di dalam negeri melainkan juga di luar negeri, antara lain melalui international workshop di University of Kassel, Jerman dengan bantuan dari DAAD Jerman