Program Studi Magister Pendidikan Fisika UAD merupakan Program Pascasarjana pertama di Indonesia dalam bidang Pendidikan Fisika, dan dibuka mulai Tahun Akademik 2005/2006. Pendirian program studi ini didahului dengan pembuatan rencana aksi atau action plan. Rencana aksi tersebut dipresentasikan dalam International Workshop UNISTAFF di Universitat Kassel, Jerman, pada tahun 2003.

Gagasan yang tertuang dalam rencana aksi tersebut kemudian dipresentasikan kembali di UAD. Hingga akhirnya pada bulan Oktober 2004, Program Studi Magister Pendidikan Fisika UAD resmi mendapat izin dari Dirjen Dikti Kementerian Pendidikan Republik Indonesia.